Στο Τμήμα Μηχανοργάνωσης λειτουργεί ειδική υπηρεσία εξυπηρέτησης χρηστών του Πανεπιστημίου (helpdesk) η οποία καταγράφει και ικανοποιεί αιτήματα τεχνικής υποστήριξης που αφορούν στη λειτουργία του εξοπλισμού, στη χρήση του λογισμικού κ.λπ.