Das Doktoratsstudium ist für die Universität Piräus und insbesondere für die Fakultäten eine Quelle akademischen Ansehens und internationaler Auszeichnung. Ziel des Doktoratsstudiums ist es, qualitativ hochwertige wissenschaftliche Forschung zu produzieren und Wissenschaftler hervorzubringen, die in der Lage sind, zum Fortschritt von Wissenschaft, Forschung und Anwendungen beizutragen. Sie stellen den dritten Studienzyklus dar, der die Anfertigung einer Doktorarbeit umfasst und mit der Verleihung der Doktorurkunde abschließt.