Το Tμήμα Oργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων από το ακαδημαϊκό έτος 1995-1996 προχώρησε στη λειτουργία των Μεταπτυχιακών Προγραμμάτων:

• ΠΜΣ στη Διοίκηση Επιχειρήσεων (Master in Business Administration, M.B.A.)
• ΠΜΣ στη Διοίκηση Επιχειρήσεων – Ολική Ποιότητα με Διεθνή Προσανατολισμό (MBA – Total Quality Management International)
• ΠΜΣ στη Διοίκηση Επιχειρήσεων – Management Τουρισμού (Master’s in Business Administration – Tourism Management, M.B.A. – Tourism Management)
• ΠΜΣ στη Διοίκηση Επιχειρήσεων για Στελέχη (Executive M.Β.Α.)
• ΠΜΣ στη Λογιστική και Έλεγχο Επιχειρήσεων και Δημοσίων Οργανισμών (MSc in Accounting and Control of Public Sector and Businesses)

Σκοπός των μεταπτυχιακών αυτών προγραμμάτων είναι η προετοιμασία, σε προχωρημένο επίπεδο, διοικητικών στελεχών και συμβούλων ικανών να αντιμετωπίσουν επιτυχώς το πολύπλοκο και δυναμικό διεθνές οικονομικό περιβάλλον, συμβάλλοντας σε επιχειρησιακές διαδικασίες που ενισχύουν την ανταγωνιστικότητα.

Εκτός από τα παραπάνω ΠΜΣ, σε συνεργασία με τα Τμήματα Πολιτικής Επιστήμης και Διεθνών Σχέσεων του Πανεπιστημίου Πελοποννήσου (επισπεύδον Τμήμα) και το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης οργανώνουν και λειτουργούν το:

• Διαπανεπιστημιακό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στην Τοπική και Περιφερειακή Ανάπτυξη και Αυτοδιοίκηση